تأسس المجمع الإسلامي بخان يونس سنة 1978 م كفرع للمجمع الإسلامي بغزة و الذي تأسس عام 1973 مبدأ المجمع الإسلامي فرع خان يونس نشاطاته ببناء المسجد و الذي خصص طابق القبو فيه لعيادة صحية تم تشغيلها بعد بناء المسجد بوقت قصير ، و استطاعت أن تنجز الكثير مما حدا بالمؤسسة حينها إلى توسيع أنشطتها لتشمل الجانب الاجتماعي و التعليمي .تنبه الاحتلال إلى خطورة عمل المجمع الإسلامي ( ولا يخفى هنا أنه كان النواة الأولى للصحوة الإسلامية في فلسطين ) فبادرت السلطات إلى إغلاق المؤسسة و التضييق على أعضائها الاعتقال و المحاكمات ، مما أدى إلى تجميد العمل ، مع بقاء دور مسجد المجمع الإسلامي فاعلاً في المجتمع
تاريخ المسلمين يحتاج إلى مراجعة شاملة..!! إذ لم تعد البنية السلفية التي يقودها المذهب الوهابي قادرة على الرد على الكثير من التحديات المعاصرة..! فماذا يعني أن تدعم الولايات المتحدة الأمريكية وبريطانيا "دولة الخلافة" السعودية المعاصرة،...أو الخليجية سمها كما تشاء، فهل ينجح الخليج في السيطرة على السودان، وحصانهم الأسود وزير الأوقاف عصام أحمد البشير؟
مؤسسة الإعمار الخيرية هي إحدى روافد الخير التي تعمل في خدمة الإسلام والمسلمين ، وتُعنى بإعمار بيوت الله وإنشاء المدارس والمراكز الإسلامية ، وغيرها من المشاريع الخيرية ، ومتابعتها وتشغيلها والإشراف عليها في أنحاء العالم.وتسعى المؤسسة للاستفادة من هذه المشاريع في تعليم المسلمين العقيدة الصحيحة ، وتحذيرهم من البدع والخرافات ، وتصحيح المفاهيم الخاطئة لديهم ، وتعيين الأئمة والدعاة من طلبة العلم المشهود لهم بصفاء العقيدة وسلامة المنهج .
الشــيخان للدراسات العربية والإسلامية وتحقيق المخطوطاتتحقيق المخطوطات ، ونسخ المخطوط ، وتخريج الأحاديث، ومساعدة الباحث ، وجمع المادة العلمية ، وتأليف الكتب الإسلامية والعربية والأدبية ، والضبط الحرفي للكتب ، وتصحيح الكتب والرسائل وغير ذلكهذا المركز ثقافي علمي يهتم بتحقيق المخطوطات الإسلامية والعربية ومساعدة الباحثين